Управлява на басейново ниво водите на територията на страната в обхвата на една или няколко водосборни области. Целта е като част от интегрирано управление на водите да се осигури достатъчно количество и добро качество на повърхностните и подземните води за устойчиво, балансирано и справедливо водоползване, намаляване на замърсяването на водите, опазване на повърхностните и подземните води и водите на Черно море, прекратяване на замърсяването на морската среда с естествени или синтетични вещества, намаляване на заустванията, емисиите и изпусканията на приоритетни вещества, прекратяване на заустванията, емисиите и изпусканията на приоритетно опасни вещества, предотвратяване или намаляване на вредните последици за човешкия живот и здраве, околната среда, културното наследство и стопанската дейност, свързани с вредното въздействие на водите.

• Извършва оценката на състоянието на водните тела;
• Разработва програми от мерки за подобряване, опазване и поддържане състоянието на водите;
• Разработва плана за управление на речния басейн и плана за управление на риска от наводнения;
• Издава разрешителните по Закона за водите, събира таксите, свързани с тях;
• Установява границите на водите и водните обекти - публична държавна собственост;
• Определяне на повърхностните води, предназначени за питейно-битово водоснабдяване (съгласувано с директорите на регионалните здравни инспекции);
• Определя водите за обитаване от риби и черупкови организми;
• Стопанисва водите - изключителна държавна собственост, които не са предоставени на концесия;
• Контролира:

  • състоянието и проводимостта на речните легла и на заустващите съоръжения;

  • извършването на дейности в речните легла;

  •  състоянието и правилната експлоатация на водовземните съоръжения, съоръженията за използване на повърхностните и подземните води и съоръженията за измерване на водните количества;

  • изпълнението на условията на издадените разрешителни по Закона за водите, с изключение на разрешителните за ползване на воден обект за заустване на отпадъчни води и разрешителните за ползване на воден обект за изземване на наносни отложения от река Дунав;

  • количеството и качеството на водите;

  • поддържането на минимално допустимия отток в реките;

  • собствения мониторинг на водите;

  • изпълнението на задълженията за заплащане на таксите по Закона за водите;

  • спазването на забраните и ограниченията в границите на санитарно-охранителните зони;

  • изпълнението на програмите от мерки за Ограничаване на правата, произтичащи от разрешителното;

  • графика за изпълнение на проектите за изграждане на канализационни системи, финансирани с държавни средства.